Sejarah HKBP berawal pada abad ke-19 ketika misionaris Barat mulai memberitakan Injil ke Tanah Batak. Upaya awal dilakukan oleh Pendeta Ward dan Barton dari Gereja Baptis Inggris, dilanjutkan oleh Pdt. Samuel Munson dan Henry Lyman pada tahun 1834. Namun, keduanya tewas sebagai martir di Lobu Pining, menyebabkan penginjilan terhenti sementara.
Ketertarikan terhadap Tanah Batak muncul kembali melalui laporan ilmuwan Junghuhn tahun 1840. Hal ini mendorong Lembaga Alkitab Belanda mengutus Van der Tuuk pada tahun 1849 untuk mempelajari bahasa Batak dan menerjemahkan Alkitab ke dalam aksara Batak. Karya ini menarik perhatian Badan Zending Rheinsche Missionsgesellschaft (RMG) yang kemudian mengutus misionaris ke Tanah Batak, termasuk Pdt. Dr. Fabri.
Tanggal 7 Oktober 1861 menjadi hari penting dalam sejarah HKBP, menandai lahirnya Batakmission — sebuah organisasi misi RMG di Tanah Batak. Pada hari itu diadakan pertemuan pertama para penginjil RMG di Sipirok. Batakmission mencakup para penginjil, jemaat (pargodungan), serta pelayan pribumi, dan menjadi cikal bakal HKBP sebagai gereja mandiri. Pada tahun 1881, Batakmission mulai dipimpin oleh ephorus pertama, yakni Ingwer Ludwig Nommensen, yang memimpin hingga tahun 1918.